Keanekaragaman flora dan fauna di Indonesia memengaruhi kehidupan manusia, seperti pada bidang ekonomi, kesehatan, dan ilmu pengetahuan.
Terdapatnya berbagai tanaman pertanian seperti merica hitam, cengkih, kayu manis, tebu, beberapa jenis jeruk dan sejumlah buah-buahan tropis lainnya yang bernilai ekonomi. Beberapa hewan seperti sapi dan kerbau yang dimanfaatkan daging serta susunya untuk dijual. Bulu domba atau biri-biri dimanfaatkan untuk pembuatan jaket hangat, tumbuhan bekayu yang batangnya dapat dimanfaatkan untuk pembuatan rumah dan perabotannya, serta keindahan alam seperti gunung dan pantai dapat dijadikan tempat wisata.
Bahan aktif yang diekstraksi dari tumbuhan, hewan, atau jamur dapat dimanfaatkan untuk bahan obat-obatan. Seperti, penilisin dan tetrasiklin digunakan untuk antibiotik, aspirin dan banyak obat-obatan lainnya pertama kali diekstraksi dari tumbuhan liar dimana sekarang mampu disintesis kimiawi.
Banyaknya keanekaragaman hayati di Indonesia belum seluruhnya diteliti. Hal ini dapat membuka peluang untuk penelitian lebih lanjut.