Sistem organ pada tumbuhan terdiri dari organ vegetatif dan organ generatif.
Sistem organ vegetatif merupakan kumpulan organ tumbuhan yang berfungsi untuk mendukung pertumbuhan dan perkembangan tumbuhan, terutama berguna untuk penyerapan, pengolahan, pengangkutan, dan penimbunan zat-zat makanan. Contoh organ vegetatif misalnya pada tumbuhan berpembuluh terdiri atas akar, batang, dan daun.
Sistem organ generatif merupakan organ tumbuhan yang berfungsi dalam proses perkembangbiakan secara generatif atau seksual (didahului oleh peristiwa perkawinan). Pada tumbuhan berbiji tertutup (Angiospermae) organ generatif terdiri atas bunga, buah, dan biji.
Jadi contoh organ vegetatif pada tumbuhan adalah akar, batang, dan daun, sedangkan contoh organ generatifnya adalah bunga, buah, dan biji.